9歳からギターを始め、父・荘村正人と、後に小原安正に師事する。

1963年、来日した巨匠ナルシソ・イエペスに認められ、翌年スペインに渡り師事。
1969年の日本デビューで、「テクニック、音楽性ともに第一人者」との高い評価を得た。
1971年には北米で28に及ぶ公演を行い、国際的評価を不動のものにした。
1974年にはNHK教育テレビ「ギターを弾こう」に講師として出演し、一躍全国にその名と実力が知られることになった。
1977年と1980年に再びスペインに渡り、イエペスのもとでさらに研鑚を積み、ヨーロッパ各地でコンサート活動を行なう。

マルク・グローウェルス（フルート）、インマ・ゴンザレス（カスタネット）との共演や、女優の岸田今日子とのコラボレーションによる《ギターと朗読の庭》のツアー等、様々な企画に取り組む。

2007年NHK教育テレビ「趣味悠々」のギター講師として再登場し、改めて日本ギター界の第一人者としての存在を強く印象づけた。
2008年ビルバオ交響楽団の定期演奏会に出演。同団とは《アランフェス協奏曲》を録音、2009年にCDをリリース、日本ツアーのソリストとして同行し好評を博した。
2015年10月にはイ・ムジチ合奏団と共演、レコーディングを行った。
2017年からはギターの様々な可能性を追求する「荘村清志スペシャル・プロジェクト」（全4回）に取り組み、さだまさし、coba、古澤巌、錦織健らと共演しジャンルの垣根を越えたコラボレーションが話題となる。最終回ではcobaに委嘱したギター協奏曲も演奏し、注目を集めた。
2019年はデビュー50周年に当たり、5月に初のバッハ・アルバム「シャコンヌ」をリリース、全国各地でリサイタルを行った。
2020年10月、ギター作品の2大作曲家タレガとバリオスの代表作を収録した最新アルバム「ノスタルジー ～郷愁のショーロ」をリリース。同年11月には、朝日新聞の連載「人生の贈りもの」をまとめた書籍「弾いて飲んで酔いしれて　ギターとともに50年」（吉田純子編著）が出版された。

現在、東京音楽大学客員教授。